Filhos:
Isabel Luísa Josefa de Bragança (1669-1690)
Cônjuge:
Maria Sofia, condessa palatina de Neuburgo
( Neuburgo, 6 de agosto de 1666 - Lisboa, 4 de agosto de 1699 )
Filhos:
João de Bragança, príncipe do Brasil, Duque de Bragança.
(Lisboa, 30 de agosto de 1688-16 de setembro de 1688 )
João V, Rei de Portugal (1689-1750)
Francisco, Duque de Beja e Condestável de Portugal
(Lisboa, 25 de junho de 1691- Óbidos, 21 de julho de 1742 )
António de Bragança (1695-1747)
Teresa de Bragança (1696-1704)
Manuel de Bragança (1697-1766)
Francisca Josefa de Bragança (1699-1736)
Filhos naturais
De Maria da Cruz Mascarenhas:
Luísa de Bragança (1679-1732)
que casou com Luís e depois com Jaime de Melo, respectivamente 2º duque de Cadaval e 3º duque de Cadaval
De Anne Marie Armande Pastré de Verger, francesa:
Miguel de Bragança (1699-1724)
reconhecido irmão por João V
casou com Luísa Casimira de Sousa Nassau e Ligne,
duquesa de Lafões, herdeira da Casa de Arroches.
De Francisca Clara da Silva:
José de Bragança (1703-1756)
arcebispo de Braga, doutor em Teologia.